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Run: ERR4817478
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Run ID: ERR4817478

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:00:56

Number of reads: 1304977

Percentage reads mapped: 81.84

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6812 p.His525Tyr missense_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.17
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 763077 p.Val1091Ser missense_variant 0.19
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 763119 p.Asn1105Asp missense_variant 0.16
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304869 p.Leu647Met missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.93
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834234 c.693G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.14
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.14
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.15
rpsA 1834815 p.His425Arg missense_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064610 p.Arg528Trp missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641802 p.Asp90Asn missense_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407816 c.387C>T synonymous_variant 1.0
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