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Run: ERR4817569
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Run ID: ERR4817569

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:04:00

Number of reads: 714972

Percentage reads mapped: 51.87

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.11
rpoC 763508 p.Phe47Leu missense_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764226 p.Gly286Val missense_variant 0.12
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.17
rpoC 764915 p.Leu516Met missense_variant 0.15
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767020 c.3651C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 767035 c.3666G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 767038 c.3669G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 767041 c.3672G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 767044 c.3675G>C synonymous_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776985 p.Phe499Ser missense_variant 0.15
mmpS5 778575 p.Ser111Pro missense_variant 0.21
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rpsA 1834240 c.699T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.22
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.2
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.2
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.25
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.23
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.23
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.23
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.23
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102398 c.645C>T synonymous_variant 0.17
ndh 2103048 c.-6C>T upstream_gene_variant 0.15
katG 2155033 p.Gly360Val missense_variant 0.12
PPE35 2168646 p.Val656Glu missense_variant 0.12
PPE35 2169815 c.798C>T synonymous_variant 0.22
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289516 c.-275G>A upstream_gene_variant 0.12
eis 2714566 p.Leu256Pro missense_variant 0.18
folC 2747083 c.516G>T synonymous_variant 0.12
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448845 c.342C>T synonymous_variant 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
fbiB 3641352 c.-183C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoA 3878118 c.390T>C synonymous_variant 0.13
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
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embA 4243185 c.-48G>A upstream_gene_variant 0.12
embB 4249080 p.Ser856Asn missense_variant 0.12
ethA 4328312 c.-839C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0