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Run: ERR4818180
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Run ID: ERR4818180

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:24:58

Number of reads: 2530483

Percentage reads mapped: 91.1

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575891 p.Ala182Thr missense_variant 1.0
rpoB 762667 p.Pro954Arg missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476664 n.3007T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476668 n.3011C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476675 n.3018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476680 n.3023T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.99
embA 4242928 c.-305A>G upstream_gene_variant 1.0
embB 4247595 p.Cys361Ser missense_variant 1.0
aftB 4268040 p.Leu266Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0