Run ID: ERR4818180
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:24:58
Number of reads: 2530483
Percentage reads mapped: 91.1
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575891 | p.Ala182Thr | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 762667 | p.Pro954Arg | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472123 | n.278A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472150 | n.305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472549 | n.704G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrs | 1472579 | n.734G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472670 | n.825G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473123 | n.1278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473148 | n.1303G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1473163 | n.1318C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1473262 | n.1417T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473283 | n.1438T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473284 | n.1439A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473314 | n.1469A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473319 | n.1474C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474498 | n.841G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474505 | n.848C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474508 | n.851C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474527 | n.870T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474542 | n.885A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1474626 | n.969T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474634 | n.977T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1474636 | n.979A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474658 | n.1001A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474692 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474734 | n.1077G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1474824 | n.1167A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1474830 | n.1173A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrl | 1474903 | n.1246T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474913 | n.1256T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475171 | n.1514C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475172 | n.1515A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475751 | n.2094C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475754 | n.2097G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475756 | n.2099T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1475765 | n.2108A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrl | 1475774 | n.2117C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1475777 | n.2120A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475883 | n.2226A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1475900 | n.2243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.73 |
rrl | 1475916 | n.2259C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrl | 1475937 | n.2280A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475945 | n.2288C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476229 | n.2572C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.64 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476513 | n.2856G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476515 | n.2858C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476523 | n.2866T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476528 | n.2871A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476539 | n.2882A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476600 | n.2943A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476616 | n.2959A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476628 | n.2971T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476629 | n.2972C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476633 | n.2976A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476664 | n.3007T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476668 | n.3011C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476675 | n.3018C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476680 | n.3023T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-7T>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
embA | 4242928 | c.-305A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4247595 | p.Cys361Ser | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4268040 | p.Leu266Pro | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |