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Run: ERR4819140
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Run ID: ERR4819140

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Date: 01-04-2023 15:56:44

Number of reads: 1290761

Percentage reads mapped: 82.09

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.93
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9037 p.Ala579Val missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 778851 p.Ala19Pro missense_variant 0.13
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473097 n.1252G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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