Run ID: ERR5162127
Sample name:
Date: 01-04-2023 22:28:33
Number of reads: 15156
Percentage reads mapped: 0.9
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
rpoC | 762587 | c.-783G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472138 | n.293C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472147 | n.302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472153 | n.308G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472242 | n.397C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472251 | n.406G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472253 | n.408G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472256 | n.411T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472277 | n.432C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472279 | n.434T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472286 | n.441C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472509 | n.664G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472553 | n.708C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472572 | n.727T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472574 | n.729T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472579 | n.734G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472582 | n.737G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472583 | n.738T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472584 | n.739A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472594 | n.749G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472598 | n.753A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472880 | n.1035G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472912 | n.1067C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472917 | n.1072G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472969 | n.1124A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472978 | n.1133T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473054 | n.1209C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473081 | n.1236C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
inhA | 1674835 | p.Gly212Ser | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242970 | c.-263C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |