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Run: ERR6197030
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Run ID: ERR6197030

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:41

Number of reads: 46907

Percentage reads mapped: 11.59

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5716 c.477G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 1.0
rpoB 762149 c.2343G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 762158 c.2352G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762170 c.2364C>T synonymous_variant 0.67
rpoB 762173 p.Glu789Asp missense_variant 0.67
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 1.0
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781443 c.-117T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471781 n.-65G>T upstream_gene_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473896 n.239C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473911 n.254G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473918 n.261C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473922 n.265A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473935 n.278C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473936 n.279A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473937 n.280C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473943 n.286G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473945 n.288T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473946 n.289A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473950 n.293G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473971 n.314G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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