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Run: ERR9117747
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Run ID: ERR9117747

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:30:17

Number of reads: 1297151

Percentage reads mapped: 75.42

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
tlyA 1918052 c.115dupG frameshift_variant 0.29 capreomycin
katG 2154602 c.1509dupC frameshift_variant 0.23 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760583 c.779dupA frameshift_variant 0.2
rpoB 761618 p.Asn604Lys missense_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472296 n.454_458delTCCGG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472303 n.458G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474582 n.927dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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