TB-Profiler result

Run: SRR10851629
Summary

Run ID: SRR10851629

Sample name:

Date: 02-04-2023 19:30:35

Number of reads: 2660855

Percentage reads mapped: 91.6

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407330 p.Ser4Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472986 n.1142delG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472992 n.1147_1148insT non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474404 n.747A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474806 n.1149A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475129 n.1472G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169049 p.Ile522Phe missense_variant 0.14
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0