Run ID: SRR10851629
Sample name:
Date: 02-04-2023 19:30:35
Number of reads: 2660855
Percentage reads mapped: 91.6
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1407330 | p.Ser4Thr | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472953 | n.1108_1109insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472973 | n.1128A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472986 | n.1142delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472992 | n.1147_1148insT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473053 | n.1208T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473062 | n.1217T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473068 | n.1223A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473070 | n.1225G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474404 | n.747A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1474798 | n.1141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1474804 | n.1147C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474806 | n.1149A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474844 | n.1187G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474866 | n.1209C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrl | 1474896 | n.1239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474902 | n.1245T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474920 | n.1263G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474931 | n.1274G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475076 | n.1419C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475081 | n.1424C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475092 | n.1435A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475094 | n.1437C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475106 | n.1449G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475108 | n.1451C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475109 | n.1452C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475113 | n.1456C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475114 | n.1457C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475115 | n.1458A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475122 | n.1465C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475129 | n.1472G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475154 | n.1497C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475167 | n.1510T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475175 | n.1518G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475182 | n.1525T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475188 | n.1531C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475687 | n.2030C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1475707 | n.2050T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1475716 | n.2059A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475751 | n.2094C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1475752 | n.2095C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1475753 | n.2096C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475776 | n.2119G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475777 | n.2120A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1475783 | n.2126T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1475803 | n.2146T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475804 | n.2147G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1475843 | n.2186G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475849 | n.2192G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475853 | n.2196C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476056 | n.2399G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476229 | n.2572C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476251 | n.2594T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476252 | n.2595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476293 | n.2636C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476297 | n.2640C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1476302 | n.2645G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476512 | n.2855C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476514 | n.2857C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476519 | n.2862C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476524 | n.2867C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1476525 | n.2868A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476530 | n.2873C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476536 | n.2879G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476537 | n.2880A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476538 | n.2881A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476573 | n.2916A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476607 | n.2950C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169049 | p.Ile522Phe | missense_variant | 0.14 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065824 | p.Pro123Leu | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |