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Run: SRR22424905
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Run ID: SRR22424905

Sample name:

Date: 04-04-2023 04:16:08

Number of reads: 857067

Percentage reads mapped: 84.3

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761139 p.His445Ser missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6555 p.Pro439Leu missense_variant 1.0
gyrB 7117 p.Met626Ile missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576304 c.957G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761119 c.1316dupC frameshift_variant 0.11
rpoC 762854 c.-516G>T upstream_gene_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471657 n.-189G>T upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471897 n.52T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472573 n.728C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472592 n.747C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472606 n.761C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472645 n.800G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1111_1112delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473353 n.1508C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473354 n.1509G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473358 n.1513G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473359 n.1514G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473601 n.-57C>T upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474232 n.575C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475306 n.1649G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476233 n.2576G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918082 p.Asp48Gly missense_variant 0.11
katG 2156435 c.-324G>A upstream_gene_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449031 c.528C>A synonymous_variant 0.12
Rv3083 3449146 p.Ser215Thr missense_variant 0.13
fbiB 3642831 p.Ser433Pro missense_variant 0.1
alr 3840200 c.1220delA frameshift_variant 0.1
alr 3841080 p.His114Pro missense_variant 1.0
rpoA 3877871 p.Lys213Glu missense_variant 0.2
rpoA 3878627 c.-120T>G upstream_gene_variant 0.67
embA 4243700 c.475_516delGCCGGGACCCTGCCGCCGGAGAAGAAGCCACAGGTTGGCGGC conservative_inframe_deletion 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0