TB-Profiler result

Run: SRR5007178
Summary

Run ID: SRR5007178

Sample name:

Date: 04-04-2023 07:51:50

Number of reads: 961152

Percentage reads mapped: 44.82

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761277 p.Ile491Phe missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
pncA 2289223 p.Val7Leu missense_variant 0.52 pyrazinamide
pncA 2289245 c.-5delG upstream_gene_variant 0.46 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.31
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.29
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474673 n.1016T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476535 n.2878G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154695 p.Val473Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169345 p.Asn423Ile missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065055 c.1137T>A synonymous_variant 0.11
Rv2752c 3065392 p.Val267Glu missense_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0