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Run: SRR6045379
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Run ID: SRR6045379

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:58:02

Number of reads: 95109

Percentage reads mapped: 4.19

Strain:

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6682 c.-620G>T upstream_gene_variant 0.5
rpoB 760236 p.Gln144Glu missense_variant 0.14
rpoB 761091 p.Gln429* stop_gained 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781541 c.-19C>A upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304588 p.Asn553Ser missense_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472622 n.777G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473819 n.162A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473877 n.220G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474573 n.916C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474576 n.919T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474608 n.951T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474609 n.952G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474610 n.953C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474875 n.1218G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474876 n.1219T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475026 n.1369G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475027 n.1370G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475187 n.1530C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475571 n.1914A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476354 n.2699_2700delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2703_2704insGC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476638 n.2981C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
inhA 1674998 p.Thr266Ile missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2169328 p.Asn429Asp missense_variant 0.25
PPE35 2169535 p.Gly360Arg missense_variant 1.0
kasA 2519161 c.1047G>A synonymous_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860326 c.93A>T synonymous_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.5
ddn 3987268 p.Arg142His missense_variant 1.0
ethR 4327030 c.-519C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338696 c.-175G>A upstream_gene_variant 0.25