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Run: SRR6045614
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Run ID: SRR6045614

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:02:22

Number of reads: 1526418

Percentage reads mapped: 84.47

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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