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Run: SRR6045805
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Run ID: SRR6045805

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:05:45

Number of reads: 1800400

Percentage reads mapped: 74.92

Strain: lineage4.3.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
lineage4.3.1.1 Euro-American (LAM) LAM9 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.3
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.22
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471660 n.-186G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474413 n.757_776delCCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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