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Run: SRR6046189
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Run ID: SRR6046189

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:12:49

Number of reads: 1798148

Percentage reads mapped: 87.25

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
ethA 4327147 p.Trp109* stop_gained 0.67 ethionamide
ethA 4327154 c.-1043_319del frameshift_variant&start_lost 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6060 p.Ser274Asn missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472277 n.432C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475752 n.2095C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0