TB-Profiler result

Run: ERR10796588
Summary

Run ID: ERR10796588

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:05

Number of reads: 297413

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5696 p.Ser153Pro missense_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.86
fgd1 490884 c.102C>T synonymous_variant 0.18
fgd1 491426 p.Ala215Val missense_variant 1.0
rpoB 759959 c.153G>A synonymous_variant 0.29
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765259 c.1890G>A synonymous_variant 0.5
rpoC 765837 c.2470delG frameshift_variant 0.4
rpoC 766274 c.2907delC frameshift_variant 0.15
rpoC 766285 c.2916C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 766892 p.Phe1175Leu missense_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800797 c.-12T>C upstream_gene_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471858 n.13A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473314 n.1469A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rpsA 1833872 p.Arg111Cys missense_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102965 c.78G>T synonymous_variant 0.25
katG 2155304 p.His270Tyr missense_variant 0.33
katG 2156278 c.-167T>C upstream_gene_variant 0.15
PPE35 2169459 p.Gly385Asp missense_variant 0.14
Rv1979c 2221779 p.Met462Ile missense_variant 0.33
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288833 p.His137Tyr missense_variant 1.0
pncA 2289191 c.51C>T synonymous_variant 0.12
folC 2746542 p.Ala353Thr missense_variant 0.5
folC 2747383 c.216C>A synonymous_variant 0.67
pepQ 2860374 c.45T>C synonymous_variant 0.18
Rv2752c 3065824 p.Pro123Leu missense_variant 1.0
Rv2752c 3066124 p.Gly23Asp missense_variant 0.29
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086684 c.-136G>A upstream_gene_variant 0.4
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473841 c.-166T>C upstream_gene_variant 0.5
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474670 p.Asp222Asn missense_variant 0.2
fbiB 3642525 p.Ile331Val missense_variant 0.17
alr 3840972 p.Arg150Leu missense_variant 0.5
alr 3841221 p.Ala67Val missense_variant 0.67
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245083 c.1851A>G synonymous_variant 0.86
embA 4246224 p.Gly998Ser missense_variant 0.2
embB 4248185 c.1672T>C synonymous_variant 0.4
embB 4248324 p.Ala604Gly missense_variant 0.25
embB 4248528 p.Phe672Ser missense_variant 0.25
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407843 p.Glu120Asp missense_variant 0.18
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0