TB-Profiler result

Run: ERR2027232
Summary

Run ID: ERR2027232

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:40:55

Number of reads: 10880394

Percentage reads mapped: 89.65

Strain: lineage4.3.4.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.17
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472095 n.250G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475123 n.1466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476298 n.2641C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065293 p.Val300Ala missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4239763 c.-100C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0