Run ID: ERR2027232
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:40:55
Number of reads: 10880394
Percentage reads mapped: 89.65
Strain: lineage4.3.4.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.17 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472095 | n.250G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473270 | n.1425G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474448 | n.791T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474488 | n.831G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474496 | n.839C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1474497 | n.840G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474506 | n.849C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474507 | n.850G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474516 | n.859C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474529 | n.872A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474530 | n.873G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474539 | n.882C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474540 | n.883T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1474558 | n.901G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1474584 | n.927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1474632 | n.975G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474636 | n.979A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474637 | n.980C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474638 | n.981C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474639 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1474674 | n.1017A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1474676 | n.1019T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474677 | n.1020A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1474864 | n.1207C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1474883 | n.1226T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1474932 | n.1275C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475123 | n.1466C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475686 | n.2029C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475696 | n.2039T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1475699 | n.2042C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrl | 1475703 | n.2046A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1475715 | n.2058G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1475722 | n.2065G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1475751 | n.2094C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1475756 | n.2099T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475758 | n.2101A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1475775 | n.2118G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476164 | n.2507A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476214 | n.2557G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476215 | n.2558C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrl | 1476253 | n.2596A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476294 | n.2637A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476295 | n.2638C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476296 | n.2639C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476297 | n.2640C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1476298 | n.2641C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrl | 1476299 | n.2642C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476300 | n.2643G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476301 | n.2644A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476308 | n.2651G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476353 | n.2696G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476425 | n.2768G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.51 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.66 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476547 | n.2890C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065293 | p.Val300Ala | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embC | 4239763 | c.-100C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |