Run ID: ERR2228813
Sample name:
Date: 31-03-2023 16:21:44
Number of reads: 1355835
Percentage reads mapped: 81.1
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491315 | p.Gly178Ala | missense_variant | 0.45 |
rpoC | 762920 | c.-450C>T | upstream_gene_variant | 0.16 |
rpoC | 763534 | c.165T>C | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 763573 | c.204G>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 763594 | c.225C>T | synonymous_variant | 0.18 |
rpoC | 763627 | p.Lys86Asn | missense_variant | 0.11 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 778078 | p.Thr135Pro | missense_variant | 0.2 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303747 | p.Thr273Ala | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 0.96 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472225 | n.380C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472240 | n.395G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472251 | n.406G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472522 | n.677T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472571 | n.726G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472581 | n.736A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472582 | n.737G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472585 | n.740A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472623 | n.778A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472673 | n.828T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472675 | n.830T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472677 | n.832C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472682 | n.837T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472683 | n.838T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472767 | n.922G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472812 | n.967A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472954 | n.1110delC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472958 | n.1113_1114insC | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472986 | n.1141_1142insA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472989 | n.1145delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472996 | n.1151T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473226 | n.1381C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1473887 | n.230T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474001 | n.344C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474197 | n.540C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474218 | n.561T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1474611 | n.954A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1474752 | n.1096delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
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rrl | 1475869 | n.2212C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
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rrl | 1475881 | n.2224T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1475883 | n.2226A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrl | 1475892 | n.2235A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1475906 | n.2249C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrl | 1475977 | n.2320A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475978 | n.2321C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475988 | n.2331A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1475991 | n.2334T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
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rrl | 1476245 | n.2588C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrl | 1476366 | n.2709A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476368 | n.2711T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
rrl | 1476374 | n.2717T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476493 | n.2836A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168728 | p.Gly629Arg | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2519346 | p.Leu411Arg | missense_variant | 0.22 |
ahpC | 2726428 | p.Asp79Ala | missense_variant | 0.36 |
thyA | 3074061 | p.Glu137Asp | missense_variant | 0.25 |
ald | 3087320 | c.501A>G | synonymous_variant | 0.12 |
Rv3236c | 3613094 | p.Leu8Ser | missense_variant | 0.1 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
aftB | 4267945 | p.Tyr298Asn | missense_variant | 0.22 |
aftB | 4268619 | p.Val73Gly | missense_variant | 0.33 |
ethR | 4327336 | c.-213A>G | upstream_gene_variant | 0.12 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448497 | c.-6_*1408del | transcript_ablation | 1.0 |