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Run: ERR2514261
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Run ID: ERR2514261

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:13:23

Number of reads: 942453

Percentage reads mapped: 92.79

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303044 c.114G>A synonymous_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.250delG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472833 n.988C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.13
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.13
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.12
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.12
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834813 c.1272G>T synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155783 p.Ala110Gly missense_variant 0.1
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PPE35 2169278 c.1335T>C synonymous_variant 0.15
PPE35 2169281 c.1332T>G synonymous_variant 0.14
PPE35 2169287 c.1326T>C synonymous_variant 0.11
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pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
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pepQ 2859726 c.693C>G synonymous_variant 0.15
Rv2752c 3067118 c.-927A>T upstream_gene_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612772 c.345T>A synonymous_variant 0.12
fbiB 3642018 c.485_489delATGCC frameshift_variant 0.11
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embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4245578 c.-936G>A upstream_gene_variant 0.11
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