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Run: ERR2514834
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Run ID: ERR2514834

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:35:30

Number of reads: 2223216

Percentage reads mapped: 88.51

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6358 c.-944C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764353 c.984G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775841 c.2640G>A synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472868 n.1023T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.23
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474306 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475844 n.2187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860265 p.Ala52Ser missense_variant 0.11
embC 4240099 c.237C>G synonymous_variant 0.45
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
ethA 4326996 p.Pro160Ser missense_variant 0.98
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0