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Run: ERR405201
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Run ID: ERR405201

Sample name:

Date: 01-04-2023 04:29:28

Number of reads: 4176342

Percentage reads mapped: 84.87

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
rpoA 3878641 c.-134C>G upstream_gene_variant 0.19
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
panD 4043938 p.Ile115Thr missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0