Run ID: ERR405201
Sample name:
Date: 01-04-2023 04:29:28
Number of reads: 4176342
Percentage reads mapped: 84.87
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473097 | n.1252G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1473099 | n.1254T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475114 | n.1457C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
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rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
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rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
alr | 3840719 | c.702A>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpoA | 3878641 | c.-134C>G | upstream_gene_variant | 0.19 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
panD | 4043938 | p.Ile115Thr | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |