Run ID: ERR4188072
Sample name:
Date: 01-04-2023 04:53:14
Number of reads: 59244
Percentage reads mapped: 3.27
Strain: lineage4.9;La1.8.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
La1 | M.bovis | None | None | 0.15 |
La1.8.1 | M.bovis | None | None | 0.06 |
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 0.96 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 5752 | c.513G>A | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 6406 | c.-896C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gyrB | 6446 | p.Ala403Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620674 | p.Asp262Tyr | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
embR | 1416673 | c.675G>T | synonymous_variant | 0.4 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrs | 1472349 | n.504A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476517 | n.2860C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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katG | 2156025 | c.87C>A | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168011 | p.Ser868Arg | missense_variant | 0.75 |
PPE35 | 2168225 | c.2388C>A | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168319 | p.Thr765Ile | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222308 | p.Asp286Gly | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086728 | c.-92C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878630 | c.-124delC | upstream_gene_variant | 1.0 |