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Run: ERR4814821
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Run ID: ERR4814821

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:30:37

Number of reads: 755137

Percentage reads mapped: 84.96

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.11
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777594 c.886delG frameshift_variant 0.12
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.11
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.12
rpsL 781805 c.246G>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.13
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.14
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.19
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.18
rpsL 781838 c.279G>T synonymous_variant 0.19
rpsL 781851 p.Ile98Val missense_variant 0.1
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473287 n.1442_1443insGG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474582 n.925T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475974 n.2317A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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