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Run: ERR4815104
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Run ID: ERR4815104

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:40:24

Number of reads: 2043472

Percentage reads mapped: 95.85

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472901 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
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