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Run: ERR4815413
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Run ID: ERR4815413

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Date: 01-04-2023 13:51:01

Number of reads: 663974

Percentage reads mapped: 85.47

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.21
mshA 576473 p.Gly376Trp missense_variant 0.18
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.33
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.29
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.22
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.33
rpoB 761637 p.Pro611Ser missense_variant 0.25
rpoB 762277 p.Arg824His missense_variant 0.13
rpoC 762392 c.-978G>A upstream_gene_variant 0.14
rpoC 764055 p.Leu229Gln missense_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766101 p.Ile911Asn missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303509 c.579G>A synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1407293 c.48G>A synonymous_variant 0.12
embR 1416630 p.Gly240Ser missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472560 n.715G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1833685 c.144G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1833694 c.153G>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918162 p.Glu75* stop_gained 0.11
PPE35 2167965 c.2646_2647delAG frameshift_variant 0.11
PPE35 2167973 c.2640A>G synonymous_variant 0.11
PPE35 2170208 c.405C>T synonymous_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2859736 p.Gly228Glu missense_variant 0.12
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087674 c.855C>T synonymous_variant 0.22
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474039 c.33C>T synonymous_variant 0.18
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
Rv3236c 3612244 c.873T>A synonymous_variant 0.11
Rv3236c 3612333 p.Val262Met missense_variant 0.12
Rv3236c 3613265 c.-149C>T upstream_gene_variant 0.11
fbiA 3640573 p.Gly11Cys missense_variant 0.12
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
rpoA 3878016 c.492C>T synonymous_variant 0.15
rpoA 3878192 p.Thr106Ser missense_variant 0.13
ddn 3986919 p.Thr26Pro missense_variant 0.2
ddn 3986999 c.156C>A synonymous_variant 0.11
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244087 c.855G>A synonymous_variant 0.11
embA 4244844 p.Arg538Cys missense_variant 0.25
embB 4249519 c.3006C>T synonymous_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0