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Run: ERR4816993
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Run ID: ERR4816993

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:44:52

Number of reads: 1336141

Percentage reads mapped: 95.98

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5076 c.-164_-163insT upstream_gene_variant 1.0
gyrB 5107 c.-133C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766393 c.3024C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473551 n.-106delG upstream_gene_variant 0.12
rrl 1473976 n.319T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475673 n.2020_2021delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476315 n.2658C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476375 n.2718C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.1
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.1
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.11
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.17
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474165 c.159C>G synonymous_variant 0.11
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039484 c.1221T>G synonymous_variant 0.2
embC 4242242 p.Val794Ile missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0