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Run: ERR4818952

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Run ID: ERR4818952

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:50:41

Number of reads: 992384

Percentage reads mapped: 91.8

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6723 p.Arg495Gln missense_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
rpoC 764952 p.Val528Ala missense_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>A synonymous_variant 0.11
rpoC 764998 c.1629G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765028 c.1659C>A synonymous_variant 0.11
rpoC 765034 c.1665T>C synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.19
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474163 n.506C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474285 n.628_629insA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474290 n.634_649delTTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474371 n.714C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474378 n.721G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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