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Run: ERR4820130
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Run ID: ERR4820130

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:30:11

Number of reads: 897790

Percentage reads mapped: 92.84

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7857 p.Ala186Thr missense_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.2
ccsA 620455 p.Ala189Ser missense_variant 0.12
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.12
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.11
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.12
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.17
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.17
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 0.17
rpoB 762104 c.2298C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766178 p.Ile937Val missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775648 c.2832delG frameshift_variant 0.13
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777668 p.Ile271Met missense_variant 1.0
mmpR5 779267 p.Phe93Ser missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801077 p.Asp90Gly missense_variant 0.17
fbiC 1304208 c.1278C>T synonymous_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471926 n.81C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471929 n.84C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472426 n.581T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639_640insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473021 n.1176G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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