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Run: ERR4821492
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Run ID: ERR4821492

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:16:58

Number of reads: 951868

Percentage reads mapped: 92.88

Strain: lineage3

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
inhA 1674048 c.-154G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6391 c.-911G>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.29
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.12
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 779154 c.-674T>C upstream_gene_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471853 n.8T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472858 n.1013G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472879 n.1034T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473201 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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