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Run: ERR4821530
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Run ID: ERR4821530

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:18:22

Number of reads: 1033989

Percentage reads mapped: 76.92

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95 streptomycin
katG 2153983 p.Val710Ala missense_variant 0.11 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761751 p.Ala649Thr missense_variant 0.12
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762197 c.2391C>G synonymous_variant 0.2
rpoB 762206 c.2400C>G synonymous_variant 0.18
rpoB 762212 c.2406G>C synonymous_variant 0.18
rpoB 762218 c.2412T>G synonymous_variant 0.18
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.11
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763689 p.Phe107Ser missense_variant 0.11
rpoC 764197 c.828G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167910 c.2703C>A synonymous_variant 0.15
PPE35 2169093 p.Thr507Met missense_variant 0.11
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
rpoA 3877745 p.Asp255Asn missense_variant 0.11
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039457 c.1248C>T synonymous_variant 0.13
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244926 p.Phe565Ser missense_variant 0.11
aftB 4268486 p.Met117Ile missense_variant 0.12
ethA 4326426 p.Gly350Cys missense_variant 0.14
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408142 p.Arg21Trp missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0