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Run: ERR6197034
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Run ID: ERR6197034

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:47

Number of reads: 31600

Percentage reads mapped: 9.31

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rplC 801287 p.Val160Gly missense_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472495 n.650C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475704 n.2047C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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