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Run: ERR9117676
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Run ID: ERR9117676

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Date: 02-04-2023 09:28:12

Number of reads: 1008958

Percentage reads mapped: 79.46

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.25
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.21
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765282 p.Thr638Ile missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474286 n.630_639delTCCTTTTCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474299 n.642C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474302 n.646_653delAGGAGGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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