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Run: ERR9117678
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Run ID: ERR9117678

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Date: 02-04-2023 09:28:09

Number of reads: 1774202

Percentage reads mapped: 78.31

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777311 c.1170C>G synonymous_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472696 n.851G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472897 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473049 n.1204T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474722 n.1065T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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