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Run: SRR15315833
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Run ID: SRR15315833

Sample name:

Date: 03-04-2023 12:52:13

Number of reads: 148984

Percentage reads mapped: 3.66

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 764858 c.1489T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764863 c.1494G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764869 c.1500C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764875 c.1506C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764881 c.1512G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764887 c.1518G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764888 c.1519T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764902 c.1533C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764911 c.1542A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764912 p.Met515Val missense_variant 1.0
rpoC 764918 p.Val517Ile missense_variant 1.0
rpoC 764935 c.1566T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764948 c.1579T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764953 c.1584G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764958 p.Glu530Ala missense_variant 1.0
rpoC 764964 p.Phe532Tyr missense_variant 1.0
rpoC 764968 c.1599T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 765002 p.Leu545Val missense_variant 1.0
rpoC 765007 c.1638T>G synonymous_variant 1.0
fbiC 1303749 c.819G>T synonymous_variant 0.67
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473353 n.1508C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473358 n.1513G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473359 n.1514G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476565 n.2908G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476566 n.2909A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0