TB-Profiler result

Run: SRR16149133
Summary

Run ID: SRR16149133

Sample name:

Date: 03-04-2023 16:28:57

Number of reads: 2250079

Percentage reads mapped: 87.29

Strain: lineage4.2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 0.99
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 0.99
lineage4.2.2.1 Euro-American LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761101 p.Gln432Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 761141 p.His445Gln missense_variant 0.98 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
inhA 1674782 p.Ile194Thr missense_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
embB 4248002 p.Gln497Lys missense_variant 0.99 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473699 n.42A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474690 n.1033C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475020 n.1363G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475031 n.1374G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475061 n.1404C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475996 n.2339T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476336 n.2679C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476356 n.2699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476423 n.2766T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102726 p.His106Arg missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039559 c.1146C>G synonymous_variant 0.12
clpC1 4040024 c.681A>G synonymous_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408009 p.Val65Ala missense_variant 1.0