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Run: SRR3675474
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Run ID: SRR3675474

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:29:20

Number of reads: 2380282

Percentage reads mapped: 87.29

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475767 n.2110G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726210 c.18T>C synonymous_variant 1.0
thyX 3067607 c.339C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612459 p.Leu220Val missense_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 0.99
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0