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Run: SRR6045894

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Run ID: SRR6045894

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:07:21

Number of reads: 1630729

Percentage reads mapped: 85.03

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.2
mshA 576347 p.Thr334Ala missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.17
rpoB 762523 p.Pro906Leu missense_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778426 p.Ala19Pro missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305438 c.2508C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473676 n.19G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1473679 n.22T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473697 n.40C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473698 n.41G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475761 n.2104_2105insCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.12
PPE35 2170574 c.39C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642641 c.1107G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0