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Run: SRR6046219
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Run ID: SRR6046219

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:13:07

Number of reads: 2240543

Percentage reads mapped: 91.82

Strain: lineage4.8;lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.4
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.66
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 0.62
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.32
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.55
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.24
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.42
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 0.44
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.42
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.38
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303331 p.Arg134Gln missense_variant 0.39
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474687 n.1030C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475508 n.1851A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475591 n.1934G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.49
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.45
PPE35 2169308 c.1305C>T synonymous_variant 0.38
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 0.34
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 0.43
pncA 2289799 c.-558G>A upstream_gene_variant 0.52
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 0.39
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.28
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.25
fprA 3474893 p.Ser296Cys missense_variant 0.38
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