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Run: SRR7131028
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Run ID: SRR7131028

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:42:22

Number of reads: 1419989

Percentage reads mapped: 99.99

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.22
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.16
rpoC 764543 p.Thr392Asp missense_variant 0.1
rpoC 766085 p.Pro906Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777336 p.Val382Ala missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460992 c.-53A>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473587 n.-71A>C upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103204 c.-162C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3087831 p.Ala338Pro missense_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.19
whiB7 3568433 p.Arg83Ser missense_variant 0.11
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.4
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0