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Run: ERR2229760
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Run ID: ERR2229760

Sample name:

Date: 31-03-2023 17:33:24

Number of reads: 1813935

Percentage reads mapped: 98.35

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576488 p.Val381Leu missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474384 n.727C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474406 n.749T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474490 n.833G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475815 n.2158C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476031 n.2374C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476033 n.2376T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476079 n.2422G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
fabG1 1673380 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168728 p.Gly629Arg missense_variant 1.0
PPE35 2169725 c.888T>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.35
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.34
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.14
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.15
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.18
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-6_*1408del transcript_ablation 1.0