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Run: ERR2513589
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Run ID: ERR2513589

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:46:44

Number of reads: 728386

Percentage reads mapped: 85.21

Strain: lineage3.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1.3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761152 p.Leu449Gln missense_variant 0.11
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762926 c.3123delG frameshift_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406613 p.Glu243Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474381 n.724T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
inhA 1673457 c.-745T>C upstream_gene_variant 0.13
rpsA 1834159 c.618G>A synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.18
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168708 c.1905T>C synonymous_variant 0.13
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.22
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.2
Rv1979c 2222732 c.432delT frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222900 p.Arg89Gly missense_variant 0.18
Rv1979c 2222952 c.213C>T synonymous_variant 0.4
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
eis 2715060 p.His91Lys missense_variant 0.1
eis 2715065 p.Thr90Ala missense_variant 0.1
eis 2715555 c.-223G>A upstream_gene_variant 0.13
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folC 2747711 c.-114delC upstream_gene_variant 0.12
Rv2752c 3065473 p.Ser240Phe missense_variant 1.0
thyA 3074197 p.Pro92Leu missense_variant 1.0
thyA 3074598 c.-127A>G upstream_gene_variant 0.17
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038285 p.Trp807Leu missense_variant 0.14
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249195 c.2682C>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408175 p.Ala10Pro missense_variant 1.0