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Run: ERR2984800
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Run ID: ERR2984800

Sample name:

Date: 01-04-2023 00:06:48

Number of reads: 2530243

Percentage reads mapped: 91.97

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7566 p.Asp89Asn missense_variant 0.98 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Asn missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761998 p.Leu731Pro missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472064 n.219G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472444 n.599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472840 n.995A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472843 n.999dupC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472849 n.1005delT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474680 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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