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Run: ERR4817822
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Run ID: ERR4817822

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:12:54

Number of reads: 2762546

Percentage reads mapped: 98.25

Strain: lineage4.6

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 575154 c.-194G>T upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304849 p.Asn640Ser missense_variant 0.4
embR 1416976 c.372C>T synonymous_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473956 n.299G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1053_1054insCT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474712 n.1056delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474716 n.1059A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474720 n.1063C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475625 n.1969dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476317 n.2660C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
inhA 1674096 c.-106G>A upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170075 p.Ala180Ser missense_variant 0.12
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074038 c.432_433delGC frameshift_variant 0.11
fbiD 3339273 c.156T>G synonymous_variant 0.32
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568648 c.31_32insT frameshift_variant 1.0
Rv3236c 3612360 p.Gly253Arg missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244832 p.Val534Leu missense_variant 1.0
ethA 4327554 c.-81G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0