TB-Profiler result

Run: ERR4819131

Summary

Run ID: ERR4819131

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:56:21

Number of reads: 285649

Percentage reads mapped: 59.61

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5706 p.Leu156Arg missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 490710 c.-73T>G upstream_gene_variant 0.4
mshA 575270 c.-78G>A upstream_gene_variant 0.2
mshA 576689 p.Tyr448His missense_variant 0.33
ccsA 619914 c.24C>T synonymous_variant 0.25
ccsA 620840 p.Leu317Pro missense_variant 0.22
rpoB 760502 c.696C>A synonymous_variant 1.0
rpoB 761043 p.Asn413Asp missense_variant 1.0
rpoB 762086 c.2280G>A synonymous_variant 0.67
rpoC 764474 p.Asn369His missense_variant 0.2
rpoC 764479 c.1110G>A synonymous_variant 0.18
rpoC 764485 c.1116G>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.17
rpoC 764524 c.1155C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775659 c.2821delC frameshift_variant 0.22
mmpL5 775899 c.2580_2581delGG frameshift_variant 0.4
mmpL5 775974 p.Leu836Ser missense_variant 0.4
mmpL5 776930 p.Asp517Glu missense_variant 0.18
mmpL5 777043 p.Arg480Trp missense_variant 1.0
mmpL5 777229 p.Arg418Cys missense_variant 0.4
mmpL5 778852 c.-372C>A upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 778922 c.-442G>T upstream_gene_variant 0.5
mmpL5 779025 c.-545G>A upstream_gene_variant 0.25
mmpR5 779293 p.Ala102Ser missense_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1305451 p.Gly841Ser missense_variant 0.29
Rv1258c 1406400 p.Ile314Thr missense_variant 0.29
Rv1258c 1406958 p.Leu128Pro missense_variant 0.67
atpE 1461071 c.27C>A synonymous_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472896 n.1051T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475154 n.1497C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475182 n.1525T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476474 n.2817C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476570 n.2913A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
inhA 1673535 c.-667A>G upstream_gene_variant 0.5
rpsA 1834600 c.1059G>C synonymous_variant 0.25
rpsA 1834606 c.1065C>T synonymous_variant 0.33
rpsA 1834609 c.1068T>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834612 c.1071G>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834618 c.1077G>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834619 c.1078T>C synonymous_variant 0.29
rpsA 1834624 c.1083G>C synonymous_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918579 c.640C>A synonymous_variant 0.33
ndh 2101960 c.1083A>C synonymous_variant 0.25
ndh 2101963 c.1080G>A synonymous_variant 0.25
ndh 2101971 p.Glu358Gln missense_variant 0.25
ndh 2101972 p.Ala357Thr missense_variant 0.25
ndh 2101980 p.Asn355Asp missense_variant 0.25
ndh 2101984 c.1059C>G synonymous_variant 0.25
ndh 2101987 c.1056C>G synonymous_variant 0.25
ndh 2101990 c.1053G>C synonymous_variant 0.25
ndh 2101999 c.1044G>A synonymous_variant 0.18
ndh 2102010 p.Ser345Gly missense_variant 0.2
ndh 2102015 p.Val343Ala missense_variant 0.2
katG 2154405 c.1707G>A synonymous_variant 0.4
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290133 c.-892C>A upstream_gene_variant 0.4
kasA 2518467 p.Gly118Val missense_variant 0.2
kasA 2518526 c.416delC frameshift_variant 0.2
kasA 2519078 p.Glu322Lys missense_variant 0.17
kasA 2519303 p.Ala397Thr missense_variant 0.2
eis 2714872 p.Pro154Leu missense_variant 0.15
ahpC 2726241 p.Ala17Thr missense_variant 0.4
Rv2752c 3065955 p.Leu79Phe missense_variant 0.13
Rv2752c 3067137 c.-946A>G upstream_gene_variant 0.22
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568675 p.Ser2Leu missense_variant 1.0
fbiA 3640970 p.Leu143Pro missense_variant 0.18
rpoA 3877851 c.657C>T synonymous_variant 0.33
clpC1 4039620 p.Leu362Pro missense_variant 0.2
clpC1 4039712 p.Tyr331* stop_gained 0.5
clpC1 4040015 c.690G>C synonymous_variant 0.2
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.18
clpC1 4040027 c.678C>G synonymous_variant 0.17
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.15
clpC1 4040060 c.645C>T synonymous_variant 0.13
embC 4241086 c.1224G>T synonymous_variant 0.33
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242977 p.Leu1039Met missense_variant 0.15
embA 4245150 p.Val640Ile missense_variant 0.5
embB 4247694 p.Ala394Val missense_variant 0.33
aftB 4269030 c.-194C>T upstream_gene_variant 0.15
aftB 4269143 c.-307T>C upstream_gene_variant 0.14
ethA 4327481 c.-8G>A upstream_gene_variant 0.33
whiB6 4338567 c.-46C>A upstream_gene_variant 0.2
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0