TB-Profiler result

Run: ERR4819206
Summary

Run ID: ERR4819206

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:59:01

Number of reads: 2596348

Percentage reads mapped: 84.16

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475759 n.2102C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475769 n.2112_2113insC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103084 c.-43_-42insCGTAGTAGCTAAC upstream_gene_variant 0.95
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448322 c.-182G>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338599 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0