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Run: ERR4819423
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Run ID: ERR4819423

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:05:57

Number of reads: 4065356

Percentage reads mapped: 93.95

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 1.0
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473116 n.1271A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473695 n.39_40delTC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473700 n.43G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473702 n.45_46insGA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473717 n.60G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473748 n.91A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473751 n.94C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476233 n.2576G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476326 n.2669T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
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