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Run: ERR4819555
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Run ID: ERR4819555

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:10:27

Number of reads: 2131012

Percentage reads mapped: 76.71

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776612 c.1869C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474413 n.757_776delCCCACACGCGCATACGCGCG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289320 c.-79G>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0