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Run: ERR4819655
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Run ID: ERR4819655

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:13:59

Number of reads: 717851

Percentage reads mapped: 82.89

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5113 c.-127G>A upstream_gene_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 760681 p.Asn292Ser missense_variant 1.0
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.11
rpoC 764347 c.978G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.21
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.21
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.26
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764815 c.1446A>G synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776173 p.Asp770Asn missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303905 c.975G>A synonymous_variant 0.15
atpE 1461029 c.-16C>A upstream_gene_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1473534 n.-124T>C upstream_gene_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476501 n.2844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476520 n.2863G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476544 n.2887T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476547 n.2890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476563 n.2906G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476566 n.2909A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476594 n.2937C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476603 n.2946G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rpsA 1834425 p.Gln295Arg missense_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156212 c.-101G>T upstream_gene_variant 0.14
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168585 c.2028T>C synonymous_variant 0.11
PPE35 2169895 p.Gly240Cys missense_variant 0.25
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289595 c.-354A>G upstream_gene_variant 0.11
folC 2746813 p.Glu262Asp missense_variant 0.25
pepQ 2860475 c.-57C>A upstream_gene_variant 0.14
ald 3087262 p.His148Arg missense_variant 0.11
fbiB 3641112 c.-423T>C upstream_gene_variant 0.12
fbiB 3642758 c.1224C>G synonymous_variant 0.11
alr 3841508 c.-88C>A upstream_gene_variant 0.1
rpoA 3878263 p.Ser82Thr missense_variant 0.15
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embC 4242240 p.Asp793Gly missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268834 c.3G>T start_lost 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408416 c.-214A>G upstream_gene_variant 0.15
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0