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Run: ERR4820614
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Run ID: ERR4820614

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:46:37

Number of reads: 458806

Percentage reads mapped: 81.93

Strain: lineage3.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 760553 c.747C>A synonymous_variant 0.17
rpoB 761670 c.1866delC frameshift_variant 0.17
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764226 p.Gly286Glu missense_variant 0.11
rpoC 765298 c.1929G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 765300 p.Val644Ala missense_variant 0.12
rpoC 765319 c.1950A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765326 p.His653Ala missense_variant 0.12
rpoC 765329 p.Ser654Gly missense_variant 0.12
rpoC 765346 c.1977C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765349 c.1980T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765352 c.1983G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 765383 p.Met672Leu missense_variant 0.1
rpoC 765446 p.Gln693* stop_gained 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777974 c.507C>T synonymous_variant 0.13
mmpL5 778717 c.-237C>T upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406282 c.1059G>T synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472208 n.363A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.2
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rrl 1475766 n.2109_2110insCTTTTTGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
fabG1 1673346 c.-94C>G upstream_gene_variant 0.1
fabG1 1673349 c.-91G>C upstream_gene_variant 0.1
fabG1 1673357 c.-83G>A upstream_gene_variant 0.11
fabG1 1673359 c.-81T>C upstream_gene_variant 0.14
fabG1 1673361 c.-79C>G upstream_gene_variant 0.15
fabG1 1673380 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918696 p.Ala253Pro missense_variant 1.0
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PPE35 2170268 c.345C>T synonymous_variant 0.18
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