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Run: ERR4820679
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Run ID: ERR4820679

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:48:57

Number of reads: 1062955

Percentage reads mapped: 70.08

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5826 p.Glu196Gly missense_variant 0.12
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8094 p.Gly265Ser missense_variant 0.11
rpoB 760910 c.1104C>T synonymous_variant 0.11
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.21
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.13
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.12
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.12
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.1
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.11
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777821 c.660G>T synonymous_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417140 p.Ala70Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472901 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475743 n.2086T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475761 n.2104_2105insCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475794 n.2137A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154111 c.2001C>G synonymous_variant 0.16
katG 2154175 p.Phe646Ser missense_variant 0.11
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168453 c.2160C>A synonymous_variant 0.11
PPE35 2170559 c.54G>C synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064992 p.Trp400* stop_gained 1.0
whiB7 3568715 c.-36A>G upstream_gene_variant 0.12
Rv3236c 3612206 p.Thr304Ile missense_variant 0.11
clpC1 4038750 p.Gly652Asp missense_variant 0.13
clpC1 4040096 c.609G>C synonymous_variant 0.1
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249295 p.Ala928Pro missense_variant 0.12
ethR 4327321 c.-228G>A upstream_gene_variant 0.13
whiB6 4338292 c.229dupG frameshift_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408168 p.Phe12Ser missense_variant 0.12
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0