TB-Profiler result

Run: ERR4822105
Summary

Run ID: ERR4822105

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:38:17

Number of reads: 339591

Percentage reads mapped: 41.58

Strain: lineage4.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 0.89 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762598 p.Gly931Asp missense_variant 0.67
rpoB 762958 p.Leu1051Pro missense_variant 0.5
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.17
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.2
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.25
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 778042 p.Ala147Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781825 p.Asp89Gly missense_variant 0.22
rplC 800773 c.-36T>C upstream_gene_variant 0.18
rplC 801170 p.Lys121Arg missense_variant 0.29
embR 1417300 c.48T>A synonymous_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472564 n.719A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102160 p.Val295Ile missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518959 p.Ala282Asp missense_variant 0.4
ahpC 2726651 c.459G>A synonymous_variant 0.25
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641118 c.-417G>A upstream_gene_variant 0.25
alr 3840943 p.Thr160Ala missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245410 c.2178C>T synonymous_variant 0.17
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4327253 p.Ala74Gly missense_variant 0.25
ethR 4328174 p.Thr209Ile missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0